La coopération entre la République Togolaise et le Burkina Faso est à priori une coopération naturelle au regard des liens qui unissent leurs peuples de part et d’autre de la frontière. Très tôt liés par les questions communes d’intégration sous régionale à savoir le Conseil de l’Entente, la CEDEAO, l’UEMOA, la République Togolaise et le Burkina Faso ont formalisé progressivement leur coopération bilatérale. C’est ainsi qu’un Accord portant création d’une Grande Commission Mixte de Coopération entre le Gouvernement de la République de Haute Volta et le Gouvernement de la République Togolaise a été signé à Kara,  le 20 janvier 1984.

De 1984 à nos jours, trois (03) sessions de la Commission Mixte ont été tenues : la première du 12 au 14 avril 1984 à Lomé, la deuxième du 03 au 05 octobre 2000 à Ouagadougou, la troisième les 7 et 8 octobre 2019 à Lomé. La prochaine session de la Commission mixte doit se tenir au Burkina Faso.

Les domaines couverts par la coopération sont :

• Coopération politique, administrative et culturelle ;
• Agriculture, environnement et ressources en eau ;
• Commerce, transport et industrie ;
• Coopération militaire et sécuritaire ;
• Enseignement supérieur et Recherche scientifique ;
• Jeunesse sport et emploi ;
• Santé ;
• Coopération judiciaire.

Ces dernières années, les nouveaux enjeux stratégiques notamment la lutte contre le terrorisme ont mis en avant la coopération militaire et le partage de renseignements.